АТС настроена и работает (сетевые настройки, правила доступа, виртуальный сервер, внутренние номера, вх./исх.маршруты). Версия 1.0.42. Недавно появилось обновление 1.0.43. Если нажать обновить, то не слетят ли настройки АТС? Если слетят, то как этого избежать при установке обновлений?

Как правило установка обновления не затрагивает пользовательских настроек! Если таковое не указано в анонсе обновления и на сайте http://wiki.neopbx.ru в разделе "Текущая версия". Также рекомендуем сохранить все настройки АТС в разделе Система-Резервная копия, и скачать архив на свой компьютер.
При сохранении файла архива на любой носитель не изменяйте имя файла!!!